BamQuery a proteogenomic tool to explore the immunopeptidome and prioritize actionable tumor antigens

L’article de Maria Virginia Ruiz Cuevas, “BamQuery: a proteogenomic tool to explore the immunopeptidome and prioritize actionable tumor antigens”, a été publié dans BMC Genome Biology et est desormais disponible en ligne. Félicitations, Maria!

Résumé: Les peptides associés au CMH-I dérivant de régions génomiques non codantes ou de mutations peuvent générer des antigènes spécifiques aux tumeurs, y compris des néo-antigènes. La quantification de l’expression de l’ARN des antigènes spécifiques aux tumeurs dans les tissus malins et bénins est essentielle pour discriminer les cibles exploitables. Nous présentons BamQuery, un outil attribuant une expression d’ARN exhaustive aux peptides associés au CMH-I de toute origine à partir de données de séquençage d’ARN unicellulaires et en bulk. Nous montrons que de nombreux antigènes spécifiques de tumeurs cryptiques et mutés peuvent dériver de multiples régions génomiques discrètes, abondamment exprimées dans les tissus normaux. BamQuery peut également être utilisé pour prédire l’immunogénicité des peptides associés au CMH-I et identifier de novo des antigènes spécifiques de tumeur exploitables.